Институт основан в 1944 г. одним из первых научно-исследовательских учреждений созданной тогда Академии медицинских наук. Задачи, которые ставились перед научным коллективом Института, отразились в особенностях его названия, характеризовавших развитие науки и деятельности здравоохранения: Институт организации здравоохранения, медицинской статистики и социальной гигиены; Институт организации здравоохранения и истории медицины (1948 г.); Научно исследовательский институт социальной гигиены и организации здравоохранения Министерства здравоохранения (1965 г.), а впоследствии, до 2003 г. - Научно-исследовательский институт социальной гигиены, экономики и управления здравоохранением им. Н. А. Семашко в составе Отделения профилактики медицины Российской Академии медицинских наук (РАМН).